SPM Statistical Parametric Mapping 

Analyse fMRI, EEG, PET et MEG
http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/
(voir les cours en ligne ici)

 FreeSurfer 

Reconstruction corticale en Résonance Magnétique
https://sermn02.uab.cat/mrui/mld/mld_loginForm.php3

 EEGLab 

Analyse EEGs : ERPs, ICA, Wavelets
http://sccn.ucsd.edu/eeglab/

 Analysis of Functional NeuroImages (AFNI) 

Logiciel libre-source d’analyse et d’affichage d’images obtenues par IRM anatomique et fonctionnelle

https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/htmldoc/index.html

 Brainstrom 

Application libre-source dédiée à l’analyse d’enregistrements du cerveau (MEG, EEG, fNIRS et autres)

https://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Introduction

Vidéo de présentation : https://neuroimage.usc.edu/brainstorm/Introduction

 Logiciels développés par le Sherbrooke Connectivity Imaging Lab (SCIL) dirigé par le professeur Maxime Descoteaux, membre régulier du CINQ

 TractoFlow 

Processus de pré-traitement de données IRM

https://github.com/scilus/tractoflow

 Scilpy 

Bibliothèque de processus d'imagerie par IRM de diffusion

https://github.com/scilus/scilpy/

 MI-Brain 

Outil de visualisation et d’interaction pour l’IRM de diffusion et les ensembles de données de neuroimagerie

https://www.imeka.ca/mi-brain/

 Tractometer 

Système d’évaluation en ligne pour la tractographie

http://www.tractometer.org/