Cet atelier de deux jours vous est offert par le CINQ et le RBIQ. Il regroupe plus de 15 spécialistes qui offriront une formation théorique et pratique unique sur les analyses de connectivité en neuroimagerie multimodale (EEG/MEG et l'IRM).

L'École se déroule sur deux jours et inclut une conférence plénière, neuf conférences invitées ainsi que trois ateliers pratiques portant sur trois logiciels d'analyse de connectivité : Brainstorm, Neuropype et NIAK.

L'École d'été aura lieu les lundi et mardi 15 et 16 mai 2017 au Domaine Cataraqui, à Québec.

Pascale Tremblay, Ph. D.

Professeure agrégée, Département de réadaptation, Université Laval

Chercheuse, Centre de recherche CERVO

Co-directrice, Consortium d'imagerie en neurosciences et santé mentale de Québec (CINQ)

Karim Jerbi, Ph. D.

Professeur agrégé, Département de psychologie, Université de Montréal

Chaire de recherche du Canada en neurosciences et neuroimagerie cognitive

Julien Doyon, Ph. D.

Professeur titulaire, Département de psychologie, Université de Montréal

Directeur scientifique du Réseau de bioimagerie du Québec (RBIQ)

Directeur scientifique de l’Unité de Neuroimagerie Fonctionnelle (UNF)

Philip Jackson, Ph. D.

Professeur titulaire, Département de psychologie, Université Laval

Chercheur, CIRRIS et CERVO

Sophie Bélanger-Lebel, B. A.

Responsable communication et activités scientifiques, Consortium d'imagerie en neurosciences et santé mentale de Québec (CINQ)

Neural dynamics of the primate attention network

Sabine Kastner, Ph. D.

Professeure, Département de psychologie et neurosciences, Princeton University

Directrice scientifique du centre de neuroimagerie de Princeton

   Directrice du Neurosciences of attention and perception laboratory

Karim Jerbi, Ph. D.

Professeur agrégé, Département de psychologie, Université de Montréal

Chaire de recherche du Canada en neurosciences et neuroimagerie cognitive

Louis J. Dubé, Ph. D.

Professeur titulaire, Département de physique, génie physique et d'optique, Université Laval

Directeur, Dynamica Research Group, Université Laval

Bratislav Misic, Ph. D.

Professeur adjoint, Département de neurologie et de neurochirurgie, Université McGill

Fondateur et directeur, Network neuroscience laboratory, Université McGill

Matt Brookes, Ph. D.

Professeur agrégé, École de physique et astronomie, Université de Nottingham, Angleterre

Chercheur, Sir Peter Mansfield Imaging Centre, Université de Nottingham

Maxime Descôteaux, Ph. D.

Professeur agrégé, Département d'informatique, Université de Sherbrooke

Directeur, Laboratoire d'imagerie de la Connectivité de Sherbrooke

Pierre Bellec, Ph. D.

Professeur adjoint, Département d'informatique et de recherche opérationnelle, Université de Montréal

Chercheur, Unité de neuroimagerie fonctionnelle, Centre de recherche, Institut universitaire de gériatrie de Montréal (IUGM)

Stéfanie Blain-Moraes, Ph. D.

Professeure adjointe, École de physiothérapie et d'ergothérapie, Université McGill

Directrice, Biosignal Interaction and Personhood technology laboratory, Université McGill

Julie Carrier, Ph. D.

Professeure, Département de psychologie Université de Montréal

Chercheuse, Centre d'études avancées en médecine du sommeil à l'Hôpital du Sacré-Coeur, Montréal

Sylvain Baillet, Ph. D.

Professeur, Neurologie, neurochirurgie et génie biomédicale, Université McGill

Directeur, Centre d'imagerie cérébrale McConnell de l'Université McGill

Annalisa Pascarella, Ph. D.

Chercheuse, Istituto per le Applicazioni del Calcolo, National Research Council, Rome

Trois ateliers pratiques seront offerts en parallèle au cours de la journée du 16 mai. Les participants et participantes auront la possibilité de s'inscrire à l'atelier de leur choix (à noter que le nombre de places par atelier est limité afin de favoriser l'apprentissage).

Brainstorm is a collaborative, open-source application dedicated to the analysis of brain recordings: MEG, EEG, fNIRS, ECoG, depth electrodes and animal electrophysiology. For physicians and researchers, the main advantage of Brainstorm is its rich and intuitive graphic interface, which does not require any programming knowledge. We are also putting the emphasis on practical aspects of data analysis (e.g., with scripting for batch analysis and intuitive design of analysis pipelines) to promote reproducibility and productivity in MEG/EEG research. Finally, although Brainstorm is developed with Matlab (and Java), it does not require users to own a Matlab license: an executable, platform-independent (Windows, MacOS, Linux) version is made available in the downloadable package.

L'atelier Brainstorm sera animé par :

Sylvain Baillet, Ph. D.

Professeur, Neurologie, neurochirurgie et génie biomédicale, Université McGill

Chercheur senior, Fonds de recherche Santé Québec (FQRS)

   Directeur, Centre d'imagerie cérébrale McConnell de l'Université McGill

Elizabeth Bock, MSc

Responsable de laboratoire, MEG Lab, Centre d'imagerie cérébrale McConnell

The neuroimaging analysis kit (NIAK) is a library of pipelines for the preprocessing and mining of connectomes extracted from large functional magnetic resonance imaging data, using GNU Octave. NIAK offers a catalogue of robust, validated workflows for complex tasks such as registration and denoising of brain images, as well as data-driven functional brain parcellation or connectome-wide association studies. NIAK is an open-source software distributed under MIT license. Linux, Mac OSX and Windows are supported using docker.

L'atelier NIAK sera animé par :

Pierre Bellec, Ph. D.

Professeur adjoint, Département d'informatique et de recherche opérationnelle, Université de Montréal

Chercheur, Unité de neuroimagerie fonctionnelle, Centre de recherche de l'Institut universitaire de gériatrie de Montréal (IUGM)

  Pierre-Olivier Quirion, Ph. D.

  Administrateur de systèmes, Unité de neuroimagerie fonctionnelle, Centre de recherche de l'Institut universitaire de gériatrie de       Montréal (IUGM)

NeuroPype is a new open-source multi-modal brain data analysis kit which provides Python-based pipelines for advanced multi-thread processing of fMRI, MEG and EEG data, with a focus on connectivity analyses. A major strength of the NeuroPype is that it relies on (and interfaces with) several freely available Python packages developed for efficient and fast parallel processing and that it seamlessly connects with existing open-science neuroimaging and signal processing toolboxes. In particular, the NeuroPype framework is powered by the nipype engine [A] and allows for quick development of powerful processing pipelines for neuroimaging and electrophysiology data analysis. The flexible design allows users to configure analysis pipelines that are defined by connecting multiple nodes, where each node may be a user-defined function or a well-established tool or python-wrapped module (e.g. MNE-python package for MEG analysis [2], FreeSurfer for automated brain segmentation or Radatools for graph theoretical metrics, etc.).
 
Target Audience: Students and researchers with an interest in advanced brain network analysis using MEG, EEG or fMRI. Requirements: Basic knowledge of (or a keen interest in) Python.

References:
1. Gorgolewski et al. (2011) Front. Neuroinform. 5:13
2. Gramfort et al. (2013), Front. Neurosci. 7:267

L'atelier NeuroPype sera animé par :

Annalisa Pascarella, Ph. D.

Chercheuse régulière, Istituto per le Applicazioni del Calcolo, National Research Council, Rome

  David Meunier, Ph. D.

  Ingénieur de recherche, Centre de Recherche en Neurosciences de Lyon (CRNL), Labex Cortex, Université de Lyon, Lyon, France